Svojí pozdně gotickou podobu získal kostel v roce 1530. Z tohoto roku se zachovala krásná síťová klenba kněžiště. V roce 1648 byl kostel a fara vypáleny švédskými kyrysníky. Během opravy v letech 1649-1652 vznikla valená klenba lodi. Raně barokní oltář z roku 1662 vyrobil řezbář Jan Worath. Interiér kostela je barokní.

Kostel potkal v roce 1866 další požár, při kterém shořela střecha kostela i fara. Stavba dnešní štíhlé věžní špice kostela byla započata roku 1870, kdy byla zvýšena a novogoticky upravena.

Před kostelem je pomník 54 padlým frymburským občanům v 1. světové válce. V blízkosti kostela stojí stará škola, která patří k nejstarším v jižních Čechách - již v roce 1474 se připomíná její první kantor.