Byl autorem mnoha skladeb duchovní hudby, symfonií, komorních skladeb a více než pěti tisíc fug, kterých se snažil napsat alespoň jednu denně. Jedna z jeho pěti oper byla v roce 1844 uvedena ve Vídni. Přestože většinu života působil ve Vídni, kde také 10. září roku 1867 ve velké chudobě zemřel, vždy se rád vracel do rodného Frymburku. Sechterův bratr Karel byl vůbec prvním voleným starostou Frymburku.

V roce 1870 byla na jeho rodném domě ve Frymburku odhalena pamětní deska a roku 1894 po Sechterovi byla pojmenována ve Vídni ulice Sechtergasse.